지방공사가 지방지차단체로부터 받는 대행사업비의 과세 여부

「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 지급받는 대행사업비 및 대행수수료는「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것임

[회신] 귀 서면질의의 경우 기존해석사례(서면-2015-부가-1339, 2015.11.11 및 법규부가2014-134, 2014.04.28)를 참조하시기 바랍니다. 1. 사실관계 ○ 현재 시에서 직접 운영하던 일부사업을 시 산하 지방공기업에 대 행사업으로 위탁하여 지방공기업에 대행사업비를 교부하여 운 영할 예정임 ○ 매년 정산을 통해 예산 잔액 등은 시로 반납하고 지방공기업에서는 대행사업 운영에 따른 사업적 이윤이 발생하지 않음 2. 질의내용 ○ 시로부터 지방공사가 해당사업을 수탁받아 운영할 경우 교부받은 대행사업비에 대하여 지방공사는 시에게 세금계산서를 발행하여 부가가치세 납세의무를 이행하야 하는지 여부 ○ 지방공사가 아닌 지방공단이 운영할 경우 조세특례제한법 제106조 제7항 제22호에 따라 부가가치세 납세의무 대상인지 여부 ○ 대행사업이라는 의미는 시의 업무를 대신하는 것이므로 부가가치 세법 시행령 제69조에 따라 대행사업과 관련하여 발생하는 모든 거래의 세금계산서를 시 명의로 발행 및 수취할 경우 사업의 책임은 온전히 시에 있는 것으로 판단하여 지방공단이 아닌 지방공사도 해당 대행사업비와 관련한 부가가치세 납세의무가 없는 것인지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행 하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 22. 「지방공기업법」 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다.(중략) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】 ① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업" 이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. | [별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업 (제48조제1항관련) | | 단체명 | 면세사업 | | 22. 「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단 | 「지방공기업법」제71조제1항 및 제76조제2항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치 단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업 | ○ 서면-2015-부가-1339 [부가가치세과-1886] , 2015.11.11 「지방공기업법」제49조에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 지급받는 대행사업비 및 대행수수료는「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것입니다. ○ 법규부가2014-134, 2014.04.28 질의1의 경우, 「부가가치세법 시행령」 제47조 에 따른 공익단체 및 「조세특례제한법 시행령」 제106조제7항 에 따른 정부업무대행단체에 해당하지 아니하는 「지방공기업법」 제49조 에 따라 설립된 지방공사가 지방자치단체로부터 화왕산 군립공원, 산토끼노래동산, 장사시설, 체육시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁받아 자기의 책임과 계산으로 이용자로부터 입장료 및 사용료(이하 “입장료 등”이라 한다)를 지급받는 경우 해당 용역의 공급에 대하여는 지방공사가 「부가가치세법」 제3조 에 따른 납세의무자가 되는 것이며, 지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 용역을 공급하는 경우에는 위탁자인 지방자치단체가 부가가치세의 납세의무자가 되는 것으로, 귀 질의와 같이 지방공사가 지방자치단체 소유 시설물의 입장료 등을 지방자치단체장의 명의로 세금계산서 또는 영수증을 이용자에게 발급하고 사용료를 지방자치단체의 세외수입금계좌로 입금하는 등 지방자치단체의 명의와 계산으로 운영하는 경우에 해당한다면 해당 사용료에 대한 납세의무자는 지방자치단체가 되는 것임 질의2의 경우, 해당 지방공사가 지방자치단체로부터 정산하여 지급받는 「지방공기업법」 제71조 에 따른 대행사업비 및 대행수수료는 「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것입니다. 다만, 지방자치단체의 책임과 계산으로 화왕산 군립공원, 산토끼노래동산, 장사시설, 체육시설을 운영 및 유지・관리하면서 단순히 그 지출을 대행하고 거래상대방으로부터 세금계산서, 계산서, 영수증(이하 “세금계산서 등”이라 한다)에 공급받는 자를 지방자치단체장으로 기재하거나 「부가가치세법 시행령」 제69조 에 따라 세금계산서를 수수한 경우에는 지방자치단체로부터 받는 대행사업비 및 대행수수료에서 해당 세금계산서 등의 공급가액을 제외한 가액을 지방공사의 부가가치세 공급가액으로 하는 것임